Protein Data Bank

قاعدة او ارشيف يضم التراكيب الثلاثية المجسمة لعدد كبير من البروتينات التي تم تحديد تراكيبها باستعمال X- Ray او الرنين النووي المغناطيسي NMR ،الاصل لها يوجد في Brookhaven National Library .

التراكيب الموجودة فيها تعد الاساس في اكتشاف او تصميم العديد من الادوية . وفي العادة يتم انتخاب الموديل الاكثر ملائمة بعدد من البرامج مثل QMean وغيره :

د

تعد القاعدة او البنك مركزا" عالميا" للمعلومات التركيبية الخاصة بالجزيئات العملاقة ( وهي البروتينات على وجه الخصوص)  ويدار من قبل مؤسسة خاصة (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) وموقع البنك على شبكة الانترنيت يوفر العديد من الخدمات مثل إمكانية إيداع البروتينات .
الجديدة وكذلك البحث عن البيانات وإمكانية استردادها . وبذا يمكن للمستخدم ان يحصل على ملخص عن البروتين وتركيبه ، فضلا" عن إمكانية الحصول على صور للبروتين باستعمال الروابط الخاصة ببرامج الرسوم مثل RasMol وغيرها بدرجات وضوح مختلفة وتوفر مخرجات الموقع الناتجة الحصول على إحداثيات الذرات في البروتين ، والبحوث الخاصة بالبروتين .
والجدير بالذكر ان أكثر مداخل القاعدة مخصصة للبروتينات التي تم دراستها باستعمال الأشعة السينية والقليل منها يعتمد على الرنين النووي المغناطيسي.
كل بروتين له مدخل خاص PDB Id يتكون من رموز أما حرفية (Z – A) يتبعه رقم (0-9) مثل ILYZ,  4RCR ويمكن البحث في هذه البنك او القاعدة باستعمال الرقم التعريفي او استعمال كلمات مفتاحية ذات علاقة بتهميش البروتين . ومن الجدير بالذكر ان بعض البرامج الخاصة بدراسة البروتينات يكون أساسها الرقم التعريفي لانجازها المهام المنوطة بها .
وصيغ المخرجات للبنك فضلا" عما ذكر أعلاه من توفير إحداثيات الذرات فهي توفر المراجع العلمية الخاصة بالبروتين ، وطرق تحديد تركيبه والمؤشرات البلورية وتوالي البروتين والعوامل المرافقة والتي تقع ضمن التقريرالمرفق HETAM أي المجاميع المتباينة Heteroatom Group وتشمل فضلا" عن العوامل المساعدة ومواد الأساس ان كان إنزيما" ، ووصف لأنواع التركيب الذي يمكن ان يكونه ووصف لموقع البروتين في الخلية .
ولكن ما يؤثر بشكل سلبي في استعمال قاعدة البنك هو عدم سعته لاستيعاب عدد كبير من التواليات ( مثلا" أكثر من 26 توالي ) وهذا يعني ان المعقدات البروتينية الكبيرة مثل الرايبوزوم لا يمكن ان تمثل بملف PDB واحد وانما يجب ان تقسم الى عدة ملفات . وهذه التقيدات أدت الى تطوير صيغ جديدة للتعامل مع الأعداد المتزايدة والمعلومات الهائلة حول تركيب البروتينات وتظهر مخرجاتها بشكل ASN. File وغيرها وتحوي على معلومات إضافية تساعد في رسم شكل البروتين .

اخر الاخبار

اخبار العتبة العباسية المقدسة

جولة تفقدية لمتابعة خطة تنظيم مداخل المعزّين المشاركين في عزاء ركضة طويريج

لتعزيز التعاون الأكاديمي والبحثي.. جامعة الكفيل توقع اتفاقيتي توأمة مع جامعتين عراقيتين

المجمَع العلميّ يواصل إقامة مجلسه العزائي بذكرى شهادة الإمام الحسين (عليه السلام) في النجف الأشرف

قسم حفظ النظام يواصل تنفيذ خطته لتنظيم سير المواكب والزائرين في شهر المحرم

المزيد

الآخبار الصحية

لهذا السبب.. إغلاق 25 مركزًا لعلاج الإدمان في مصر ؟

خلافا للاعتقاد الشائع.. علماء يكشفون أسرار بذور البطيخ ؟!

هذا ما يحدث لجسمك عند تناولك الطماطم بانتظام !

تعرف على أطعمة تسرّع "تعافي الجسم" من حروق الشمس

المزيد

الآخبار التكنلوجية

الثلوج تغطي الصحراء الأكثر جفافا في العالم!

بتلسكوب "ألما".. التقاط صورا غير مسبوقة لبدايات الكون !

هل هاتفك مراقب؟.. 5 علامات خطيرة تكشف التجسس عليك

دبي تطلق أول رحلة تجريبية للتاكسي الجوي

المزيد

مواضيع ذات صلة

Other Attenuated Systems: Operons, Bacillus subtilis and HIV

Coupling Translation to Termination

trp Multiple Secondary Structures in trp Leader RNA

Early Explorations of the Hypersynthesis

The Serendipitous Discovery of trp Enzyme Hypersynthesis

Rapid Induction Capabilities of the trp Operon

The Aromatic Amino Acid Synthetic Pathway and its Regulation

How AraC Protein Loops and Unloops

DNA Looping and Repression of araBAD

Binding Sites of the ara Regulatory Proteins

Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation and the Unfolded Protein Response

Protein Folding and Modifications in the Endoplasmic Reticulum