رغم أهمية النقل النهري في نقل الأشخاص والبضائع، إلا أنه يواجه مجموعة من المشكلات الجغرافية والطبيعية والاقتصادية التي تحد من كفاءته وانتشاره. وتختلف هذه المشكلات من نهر إلى آخر بحسب طبيعة المجرى والبيئة المحيطة به.
أولى هذه المساوئ هي ارتباط النقل النهري بالخصائص الطبيعية للنهر، فلا يمكن استخدام جميع الأنهار للملاحة، إذ تحتاج السفن إلى مجار ذات أعماق واتساع مناسبين. وتؤدي ضحالة بعض الأنهار إلى صعوبة مرور السفن، خصوصا السفن ذات الحمولات الكبيرة.
كما أن تغير مناسيب المياه يمثل مشكلة مهمة؛ ففي فترات الجفاف ينخفض مستوى المياه، مما يقلل من قدرة السفن على الحركة ويحتم أحيانا تخفيف حمولتها. وفي المقابل، قد تؤدي الفيضانات إلى ارتفاع المياه بصورة كبيرة وتعطيل الملاحة أو إلحاق الأضرار بالموانئ والمنشآت النهرية.
ومن المشكلات الطبيعية أيضا الترسبات والطمي، إذ تحمل الأنهار كميات من الرواسب وتترسب في بعض أجزاء المجرى، مما يؤدي إلى انخفاض العمق وظهور مناطق ضحلة تعيق حركة السفن. لذلك تحتاج بعض الممرات النهرية إلى عمليات تجريف وصيانة مستمرة.
وتشكل الشلالات والجنادل والانحدارات والعوائق الصخرية عائقا أمام الملاحة، لأن وجودها قد يؤدي إلى انقطاع الطريق الملاحي أو يجبر السفن على تغيير مسارها. كما أن بعض الأنهار تتصف بكثرة التعرجات، مما يزيد المسافة والزمن اللازمين للوصول بين نقطتين.
ومن مساوئ النقل النهري أيضا بطء الحركة نسبيا مقارنة بالنقل الجوي وبعض وسائل النقل الحديثة. ولذلك قد لا يكون مناسبا للبضائع التي تحتاج إلى الوصول السريع، خاصة السلع سريعة التلف أو الشحنات ذات المواعيد الدقيقة.
كذلك فإن النقل النهري محدود جغرافيا بمسار الأنهار، فلا يستطيع الوصول إلى جميع المناطق، بل يحتاج إلى وسائل نقل أخرى لنقل البضائع من الموانئ النهرية إلى المناطق البعيدة عن النهر. وهذا يؤدي إلى زيادة عمليات المناولة والتفريغ والتحميل.
وتظهر مشكلة أخرى في تلوث الأنهار، إذ يمكن أن يؤدي تلوث المياه بالنفايات والمخلفات الصناعية والزراعية إلى التأثير في البيئة النهرية والكائنات الحية، كما قد يؤثر في جودة النشاط الملاحي والاستفادة الاقتصادية من النهر.
كما أن إنشاء وتطوير الموانئ النهرية والأرصفة والقنوات والمنشآت الملاحية يحتاج إلى استثمارات مستمرة، إضافة إلى تكاليف صيانة المجاري المائية وإزالة الترسبات والعوائق.
ومن الناحية المناخية، يمكن أن تتأثر الملاحة النهرية بالظروف الجوية القاسية، مثل الأمطار الغزيرة والفيضانات والعواصف والضباب، مما قد يقلل من مستوى الأمان ويؤدي إلى توقف الحركة مؤقتا.
وخلاصة جغرافية: تتمثل أهم مساوئ النقل النهري في تأثره بمناسيب المياه، والترسبات، والفيضانات، والجفاف، والعوائق الطبيعية، وبطء الحركة، ومحدودية امتداده المكاني، وحاجته إلى الصيانة والموانئ والخدمات المساندة. لذلك يعتمد نجاح النقل النهري على مدى ملاءمة الخصائص الطبيعية للنهر وتطور البنية التحتية المحيطة به.