مشكلات النقل بالأنهار:

1- تفتقد إلى ميزة الاستقامة، فكثير من الأنهار تكثر بها التعاريج، مما يطيل المسافة الجغرافية والزمنية.

2- كثرة الجنادل والشلالات والخوانق والسدود. فالأولى في جنوب مصر، والثانية في شلالات الكنغو بالكنغو، والثالثة في نهر كلورادو في الولايات المتحدة، ونهر الهوانجهو بالصين، أما الرابعة ففي غالبية أنهار العالم.

3- تذبذب منسوب المياه الموسمي سيما أوقات الفيضانات ومواسم الجفاف، الأمر الذي لا يؤمن الغاطس اللازم لمرور السفن.

4- بطئ الحركة سيما لو كانت الحركة عكس التيار الأمر الذي يُكلف نفقات إضافية لاستخدام قوى محركة.