تتم عملية مكافحة السموم الفطرية بطريقتين -

الأولى: التحكم في إفراز السموم الفطرية

نمو الفطريات يحكمه عدة عوامل ولو أمكن التحكم في هذه العوامل لأمكن التحكم في نمو الفطريات أولاً وبالتالي التحكم في الضرر الناشئ عن هذه السموم والحصول على مواد غذائية ذات جودة عالية. تعتمد عملية التحكم هذه على توفير ظروف غير ملائمة لنمو الفطر وإنتاجه للسموم.

- مستوى الرطوبة

يلزم حفظها عند الدرجة التي نضمن بها تكون أقل كمية من السم مع المحافظة على جودة المادة.

- درجة الحرارة :

الفطريات التي ينشط نموها وإنتاجها للسم على درجة حرارة الغرفة مثل الفطريات المفرزة للأفلاتوكسين لتلاشى نموها وإنتاجها للسم أو تقليله تحفظ الأغذية على 5 م أو أقل.

- التنافس الميكروبي

نمو الميكروبات في مزارع مختلطة يؤدى إلى تقليل إنتاج بعض المركبات منها مثل الأفلاتوكسينات نتيجة تنافس هذه الميكروبات على المادة الغذائية أو لفعل تضاد بينهم أو غير ذلك مثال تواجد A.flavus مع الأسبرجلس نيجر (الرشاشية السوداء) A.niger يقلل إنتاج الأفلاتوكسين من الأول نتيجة لوجود الثاني ظهر ذلك واضحاً في الحبوب.

- الهواء والغلاف الجوي

كل الفطريات المفرزة للسموم الفطرية هوائية، وبالتالي تحتاج إلى الأكسجين للنمو وإنتاج السموم؛ ولذلك عند مستوى أقل أو أعلى من الغازات الأخرى يحدث كبح أو منع لنمو الفطر وتكوين السموم مثال: عند وجود ثاني أكسيد الكربون بنسبة ( 20 – 40 % )  مع رطوبة نسبية %86 تمنع الفطر من إنتاج الأفلاتوكسين في الفول السوداني.

- المواد المضادة للفطريات

1 -  حامض السوربيك

* عبارة عن 6 ذرات كريون ويحتوى على مجموعة كربو كسيل واحدة ورابطة زوجية يوجد في الثمار اللحمية قد يخلق كيمائيا.

*  قليل الذوبان في الماء؛ لذا نستعمل سوربات البوتاسيوم بدلاً منه وإن كان فعل السوربات المضاد للميكروبات أقل من الحامض بنسبة 30 - 35٪ بذلك نزيد الكمية المستعملة منها.

* يظهر الفعل التأثيري للحامض عند درجة PH أقل من 5 ويقل تأثيره في الدرجات الأعلى.

* نسب استعمالها يستعمل بنسبه 1000 - 1500 جزء في المليون لمنع تكوين الأفلاتوكسين تماما من . A.parasiticus, A. flavus وتستعمل أملاح السوربات بنسب [ 1 - 2٪ في الأغذية والسجق بنسب 3 %] مع الأخذ في الاعتبار PH الغذائية .

2 -  حامض البروبيونيك

أكثر تأثير في الأغذية الحامضية ويقل تأثيره في الأغذية المتعادلة وليس له تأثير في الأغذية القلوية، ونظراً لأنه معروف كمحسن للطعم هو يضاف للأغذية لهذين الغرضين.

استعمال الحامض بتركز 85٪ له فعل تثبيطي لنمو فطر. A.parasiticus,A flavus في حبوب الذرة إلى نسبة الرطوبة بها 20٪. وإذا وصلت النسبة المستعملة منه إلى %1 منع نمو هذا الفطر وعدد كبير من الفطريات الأخرى المنتجة للسموم.

3 - حامض البنزويك:

* أقل تأثير من المواد الأخرى.

* يظهر تأثيره عند درجات المنخفضة ويقل تأثيره في الأوساط المتعادلة.

* يظهر تأثيره التضادي أو المانع يستعمل بتركيز 8% .

4- حامض الستريك:

* أكثر منعا للبكتريا من الفطريات والخمائر.

* مشتقات هذا الحمض مثل حامض الديهيدرواستيك ذات فعل مثبط جيد للفطريات عند درجة PH 5

* إذا استعمل بتركيز 0.05% أو أكثر يثبط A. flavus وغيره من الفطريات في أعلاف الدواجن.

5-  مضادات الأكسدة الفينولية ( BHT , BH )

ذات فعل مثبط لنمو الميكروبات وبصفة خاصة الفطريات مادة  BHA(Buty lated Hydroxy anisol ) عند تركيز 1،( 1000 جزء في المليون ) منع نمو وإنتاج الافلاتوكسين من فطر الرشاشية المتطفلة A. parasiticus في أن (BHT  (Buty lated Hydroxy toluene تمنع نمو وإنتاج الأفلاتوكـسـيـن مـن الــرشـاشـيــة الصفراء. A.flavus