في الأزمنة الحديثة ظهر حوض نهر الكونغو على شكل بحيرة شاسعة مثل كنشاسا وممتادي واستمرت هذه البحيرة حتى أوائل القسم الثاني من الزمن الرابع بعد الفترة الجليدية واستمر بوضعه هذا حتى استطاعت البحيرة أن تحفر لها مخرجاً غرب كنشاسا ويعتبر ثاني أنهار إفريقيا من حيث الطول وأولها من حيث مساحة الحوض. وينبع من حافة الهضبات المحيطة به ويمثل شكلاً مستطيلاً كان مسؤولاً عن تشكيل وضعه الهيدرولوجي حيث يعد ذا جريان مائي منتظم ففي الشمال هضاب الكاميرون وإفريقيا الوسطى أما في الشرق فالحافات الغربية للأخدود مع بحيراته، ومن الجنوب حافات الهضبة الجنوبية، وذلك يغذي النهر بشبكة هائلة تصله من مختلف الجهات وأهمها الشمالية والجنوبية وتعد الروافد الشمالية المسؤولة عن موجات الفيضان في الربيع والصيف، وتشمل رافد أو بنجي ومنجالا وسانجا وأيتيمبيري. ويعد الأوبنجي أكبر روافد النهر الشمالية ويتغذى بواسطة نهرين أولهما بومو والذي خط ينبغ من تقسيم المياه بين النيل والكونغو أما الثاني فهو نهر أوتيلي الذي ينبع من حافات الأخدود عند نقطة التقاء الحدود السودانية الأوغندية والزائيرية، ويلتقي النهران عند ياكوما حيث يكونا الأوبنجي فيسيرمع إفريقيا الوسطى ويلتقي في نهر الكونغو عند بحيرة تومبا .

أما الروافد الجنوبية التي تعد مسؤولة عن موجة المد العالي في الخريف والشتاء وهي روافد كثيرة مثل كاساي لوامي ويلاكا، وأهمها هو كاساي الذي يعد شبكة نهرية كبيرة يتغذى من هضبة أنجولا ويصل إلى الكونغو بعد سيره باتجاه الشمال في شرق ليوبولدفيل بعدها يضيق مجرى النهر وتنتشر فيه المساقط المائية وأهمها شلالات ليفنجستون وشلالات أنجا بعدها يدخل النهر في منطقة المصب الخليجي ويجري نهر الكونغو باتجاه جنوبي غربي ثم الغرب المنحرف قليلاً إلى الجنوب إلى أن يصب في المحيط الأطلسي. وتتميز منطقة المصب بكونها وادي غاطس مغمور بالمياه المحيطية الذي كان سابقاً جزء من وادي النهر ويتفرع النهر في الدلتا إلى عدة فروع تحصر بينها عدة جزر رملية تغطيها الحشائش والأشجار كجزيرة ماتيبا وجزيرة بونياكا، ويتميز النهر بعد ستانلي بالمجرى المتسع ويأتي في الدرجة الثانية في الاتساع بعد نهر الأمازون وفي أقسام من هذا المجرى يصبح صالحاً للملاحة وتبلغ كمية الصرف السنوي 1350كم في حين يبلغ وزن الرواسب 68 مليون طن سنوياً. وتمتد المياه العذبة داخل المحيط عند منطقة المصب لمسافة 30كم. وبسبب حمولته العالية يظهر اللون العكر في مياه المحيط مع الساحل على طول (500كم) .