يختلف أسلوب الكتابة عند المفسِّرين ؛ فهي تتفاوت على أساس الذوق ومراعاة حال المخاطَب. فقد يكون التفسير ترتيبيّاً؛ أي تفسير القرآن آية آية ومن أوّله إلى آخره ، كما هو الحال في تفسير (الميزان ، والأمثل ، ومجمع البيان). أو قد يكون موضوعيّاً فيختار المفسِّر أحد المواضيع ويجمع كلّ ما يتعلّق به في جميع الآيات والسور ثمّ يخرج بنتيجة معيّنة مثل (تفسير نفحات القرآن ، لآية الله مكارم الشيرازي؛ ومنشور جاويد لآية الله السبحاني و...).

وربَما يُكتَب التفسير بصورة مختصرة أو متوسطة أو مفصّلة؛ أي من حيث الحجم والكميّة كما هو الحال في التفاسير: الآصفي ، والمصفّى ، والصافي للمرحوم الفيض الكاشاني ، وكذلك التفاسير: الوجيز ، والجوهر الثمين ، وصفوة التفاسير للمرحوم عبد الله شبّر ، وأيضاً التفاسير الثلاثة للمرحوم الطبرسي وهي : جوامع الجامع ، ومجمع البيان ، والكافي الشافي ، فالأوّل مختصر والثاني متوسّط والثالث مفصّل. وربَما يأتي التفسير على شكل متن وشرح فتكون الآية متناً والتفسير شرحاً للآية ، وقد يختلط التفسير بالآيات بصورة مزجيّة مثل تفسير شُبَّر ونفحات الرحمن للنهاوندي.

وفي بعض الأحيان يكون التفسير شاملاً لجميع آيات القرآن مثل مجمع البيان ، وأُخرى ناقصاً ومُشتملاً على سورة واحدة أو عدد من السور ، أو حتّى مجموعة من السور مثل تفسير أحكام القرآن للراوندي الّذي يشتمل على الآيات الفقهية فقط وتفسير آلاء الرحمن للبلاغي وهو تفسير ناقصٌ.