يتمثل هدفه الأساسي للجغرافية الحيوانية في تحديد الأنواع الحيوانية البرية والمائية، ووصفها وشرح توزعها الجغرافي، مع الأخذ بالحسبان التركيز على العلاقات السببية للظاهرات الحيوية التي تربط بين الكائن الحي والعوامل الجغرافية الطبيعية والبشرية في بيئته وتدرس جغرافية الحيوان Zoogeography توزع الأنواع الحيوانية البرية والمائية مكانياً وزمانياً، فهي إحدى فروع الجغرافية الحيوية التي تهتم بالتوزع الجغرافي الحالي والماضي للحيوانات على سطح الأرض والعوامل البيئية الحالية والتاريخية التي تحدد التوزع الجغرافي للمجموعات الحيوانية على نطاق قارة أو قارات، أو على نطاق إقليمي، أو على نطاق محلي، كتوزع الحيوانات في منطقة جغرافية، وعلاقتها بالبيئة التي يعيش فيها، وتعد الحيوانات البرية، والمائية مؤشراً حية للخصائص البيئية، عن طريق مناطق التوزع الخاصة به، حيث يحدد علماء الجغرافية الحيوية على هذا الأساس المناطق التي تكون فيها الظروف البيئية موحدة أو متشابهة، وتكتنف دراسة الجغرافية الحيوانية صعوبات عدة منها أن الحيوانات لا يمكن رؤيتها في أماكن يسهل الوصول إليها، لأن بعض الحيوانات بحرية تعيش على أعماق كبيرة، وبعضها الآخر يعيش في شقوق، إلى جانب ذلك تتميز الحيوانات بحرية الحركة تقوم الجغرافية الحيوانية بمجموعة من الوظائف، حيث يتجسد الهدف الأول من دراستها من خلال تفسير العديد من مشكلات التوزع الحيواني، ومنها تفسير أسباب معيشة أنواع خاصة من الحيوانات في الأماكن التي تعيش فيها الآن مثل استئثار قارة استراليا بالجرابيات، وإيضاح كيفية استجابة الحيوانات لبيئاتها وبعضها البعض، وكيفية تأثير العوامل البيئية في تطورها وانتشارها، كما تتمثل أهميتها في أن دراسة الطاقات الإنتاجية الحيوية في البيئات الطبيعية المختلفة تساعد إلى حد كبير في اتخاذ القرارات الخاصة بالاستخدام الأمثل لها، كما ترتبط جغرافية الحيوان Zoogeography ارتباطاً وثيقاً بجغرافية النبات، ويعزى ذلك إلى أن الحيوانات تعتمد في وجودها إلى حد كبير على النبات ، وتتألف الجغرافية الحيوانية من عدة فروع وتخصصات فرعية، لكنها تتضمن بعض المفاهيم العامة الموحدة التي تربط بين فروعها المختلفة وتسير عليها جميع الدراسات والبحوث منها:
1ـ علم الأحياء التطوري developmental biology يهتم بدراسة أصول وأسلاف الكائنات الحية وتطورها عبر الأجيال، وتكاثرها وتمايزها بعضها عن بعض عبر الزمن، والعمليات التي أدت إلى تنوع الحياة.
2ـ علم الحيوان الوصفي :Zoography يصف حيوانات، كما يصف موائلها (أماكن معيشتها)
3ـ علم التشريح المقارن Comparative: anatomy يدرس تركيب الحيوانات.
4ـ علم البيئة السلوكي Behavioral ecology هو دراسة الأساس البيئي والتطوري لسلوك الحيوان، وأدوار السلوك في تمكين الحيوان من التكيف مع بيئته.
5ـ علم التصنيف الحيواني :Taxonomy يقوم على دراسة الأنواع المختلفة من الحيوان ووصفها وتسميتها، ويهتم بتصنيف الحيوانات المختلفة والأسس التي يُبنى عليها في مجاميع متقاربة.
6ـ علم الحيوانات المتحجرة (المستحاثات) Paleozoology الذي يُعنى بدراسة الحيوانات المتحجرة وانتشارها على مدى الزمن في العصور الجيولوجية القديمة، ويشمل تطور الكائنات وعلاقاتها بعضها البعض وعلاقتها بالبيئة التي تعيش فيه.
7ـ علم البيئة Ecology يدرس العلاقة بين الكائنات الحية وبين البيئة المحيطة بهم، وكيف يؤثر كل منهما بالآخر.
8ـ الجيولوجيا التاريخية وبعض العلوم الإنسانية، بما في ذلك التاريخ وعلم الآثار وعلم الأعراق، والتي توفر معلومات عن التغيرات التاريخية في عالم الحيوان.
