توفي ابو جعفر محمد بن علي بن الحسين (عليهم السلام) بالمدينة يوم الاثنين سابع ذي الحجة سنة 114 هجري اربع عشرة ومئة وله سبع وخمسون سنة.

قيل سمَّه ابراهيم بن الوليد بن عبد الملك فتكون وفاته في ايام هشام بن عبد الملك، وقبره بالبقيع في القبر الذي فيه ابوه وعم ابيه الحسن (عليهم السلام) في القبة التي فيها العباس، وأوصى الى ابنه جعفر (عليه السلام) وامره ان يكفنه في برده الذي كان يصلّي فيه يوم الجمعة وان يعمّمه بعمامته وان يربع قبره ويرفعه اربع اصابع وان يحل عنه اطماره عند دفنه.

 ورُوي عن ابي عبد اللّه (عليه السلام) قال كتب ابي في وصيته، ان اكفنه في ثلاثة اثواب احدها رداء له حبرة، كان يصلي فيه يوم الجمعة وثوب آخر وقميص، فقلت لأبي: لِمَ تكتب هذا؟ فقال: اخاف ان يغلبك الناس وان قالوا كفّنه في اربعة او خمسة فلا تفعل، وعمّمني بعمامة، وليس تعد العمامة من الكفن انما يعد ما يلف به الجسد.

 وعنه (عليه السلام) ايضاً قال لي ابي: يا جعفر اوقف لي من مالي كذا وكذا لنوادب تندبني عشر سنين بمنى، ايام منى.

ورُوي انّه اوصى بثمانمئة درهم لمأتمه، وكان يرى ذلك من السنة، لأن رسول اللّه (صلى الله عليه واله) قال اتخذوا لآل جعفر طعاماً فقد شغلوا.

وعن ابي عبد اللّه (عليه السلام) ان رجلاً كان على اميال من المدينة فرأى في منامه، فقيل له انطلق فصلّ على ابي جعفر (عليه السلام) فان الملائكة تغسله في البقيع فجاء الرجل، فوجد ابا جعفر قد توفّي (صلوات اللّه وسلامه عليه).