الشيخ محمد نعيم الشهير بملا نعيما بن الشيخ محمد تقي بن الشيخ محمد جعفر.
قرأ على والده في قزوين ثم هاجر إلى أصفهان والتحق بالحوزة العلمية هناك وحضر على أكابر أساتيذها منهم الملا محمد صادق الأردستاني المتوفى سنة 1134 وبهاء الدين محمد المعروف بالفاضل الهندي المتوفى سنة 1137 ومال إلى الحكمة والعرفان فبرع في ذلك.
هاجر في فتنة الأفاغنة إلى قم، ثم رجع إلى أصفهان ومنها انتقل إلى قزوين فرأس فيها.

ووصف حاله في فتنة الأفاغنة في مقدمة كتابه أصل الأصول قائلا...
هذا مع تشتت الحال وتوزع البال إذ قد وقع هذا السؤال حين جرد الزمان على أهاليه سيف العدوان، وذلك بغلبة عساكر الأفغان على بلدة أصفهان، وإهلاك من كان فيها من معظم المتوطين والسكان، وإبادة ما كان فيها وفي حواليها من البلدان، وإفناء أكثر المؤمنين، ولا سيما العشائر والأقارب والإخوان، وفراري منها إلى بلدة قم بلدة أمن وأمان حماها الله تعالى من طوارق الحدثان وآفات الأفغان، واغترابي فيها، وبعدي عن الأهل والأوطان... وتوفي بعد سنة 1180.
وله مؤلفات منها: كتاب أصل الأصول الطبعة الأولى ضمن المجلد الثالث من كتاب منتخباتي از آثار حكماء الهي إيران سنة 1976 م، والطبعة الثانية في كتاب مستقل يقع في 178 صفحة العروة الوثقى في امامة أئمة الهدى في مجلد كبير في الكلام منها، حاشية على الحاشية الجليلة الجلالية وعلى الحاشية الشريفة وعلى شرح المطالع، الجبر والتفويض، كتاب القضاء والقدر، رسالة في قاعدة الواحد، تعليقات على شرح جديد التجريد، كتاب شرح الإشارات، شرح أصول الكافي، رسالة في تشكيك الوجود.
قال عنه السيد جلال الآشتياني في مقدمة أصل الأصول أنه من مشاهير المدرسين في الحوزة العلمية بأصفهان في القرن الثاني عشر من الهجرة النبوية الشريفة...
وذكر في أعيان الشيعة وفي الذريعة وطبقات أعلام الشيعة.