البنية الثانوية: التهايؤ (Configuration) والهيئة (Conformation)

يطلق تعبير التهايؤ على العلاقة الهندسية بين مجموعة معينة من الذرات، ولا يمكن حدوث التحول فيما بين البدائل التهايؤية ((Configurational alternatives) كالتحول بين الألانين الميمن والألانين الميسر) إلا بتحطيم الروابط التساهمية وإعادة تشكلها.

أما تعبير الهيئة فيعبر عن البناء (Architecture) ثلاثي الأبعاد للبروتين والعلاقات الفراغية لكل ذرة من ذراته مع باقي الذرات الأخرى. والتحول في هذه الحالة (أي من هيئة إلى أخرى) لا يشمل تحطيم الروابط التساهمية فقط، بل أيضاً تحطيم القوى اللاتساهمية التي تثبت عادة الهيئة البروتينية (كالروابط الهيدروجينية والملحية والتآثرات الكارهة للماء) وإعادة تشكلها. وبالرغم من التوجيه والتحديد الذي تمارسه الإعاقة الناجمة عن التآثرات الفراغية على الهيئة البروتينية، فإن الدوران الحر حول ثلثي الروابط التساهمية للسلسلة الرئيسية لعديد الببتيد (الشكل 8-5) يسمح باحتمال وجود عدد كبير جداً من الهيئات المختلفة للبروتين؛ ومع ذلك، فإن عدداً قليلاً فقط من هذه الهيئات يكون ذا أهمية من الناحية الوظيفية الحيوية.