الحلزون ألفا α-helix

إذا التف الهيكل الأساسي لعديد الببتيد بمقادير متساوية حول كل من ذرات الكربون ألفا سيشكل وشيعة أو حلزوناً. وتميز أنماط الحلزونات - والتي تتشكل نتيجة الاختلاف في مسافات الالتفاف واتجاهاته - بعدد (n) الثمالات الحمضية الأمينية في كل لفة وبالطبقة (”pitch "p) أو المسافة التي ينموها الحلزون في كل لفة بالنسبة لمحوره. وبما أن هذه الحلزونات تتشكل أصلاً من الأحماض أمينية غير متناظرة مرآتياً (Chiral) فهي تبدي عدم تناظر مرآتي ( Chirality) هذا يعني أن الحلزون إما أن يكون متجهاً لليمين (أيمني) (Right-handed) أو لليسار (أيسري) (Left-handed) ولإيضاح الحلزون الأيمني، ارفع يدك اليمنى بحيث تكون راحة اليد للأعلى والأصابع منحنية قليلاً والإبهام متجه بعيداً عنك. عندها يشير الإبهام إلى اتجاه النهاية الكربوكسيلية لعديد الببتيد للحلزون الأيمني الذي يكون توجهه باتجاه أصابعك المنحنية.

وبالرغم من إمكانية تشكل حلزونات أيسرية من عديدات الببتيد المخلقة من الأحماض الأمينية الميمنة (D-amino acids)، إلا أن التآثرات الفراغية لزمر ”R“ للثمالات الحمضية الأمينية الميسرة (L-amino acids) تملي عدم حدوث الحلزونات الأيسرية في البروتينات.

بالإضافة إلى ذلك، تتعلق أنماط حلزونات عديد الببتيد الموجودة في البروتين بعوامل فراغية أخرى وبعدد الروابط الهيدروجينية وتآثرات فان در فالس الممكنة التي تستطيع أن تشكل وتثبت نمط الحلزون المعني.

وللحلزون ألفا الزوايا فاي و ساي ونمط الربط الهيدروجيني التي تؤمن له ثباتاً أعظمياً. وتحوي الحلزونات في أي بروتين 4-50 ثمالة (المتوسط نحو 12 ثمالة). والمعالم الأساسية للحلزون ألفا إالشكل6-3)هي 3.6=n ثمالة/لفة  و 0.54= P نم (5.4 أنج)، وتكون المسافة على محور الحلزون التي تفصل ذرات السلسلة الأساسية المتمائلة للثمالات المتجاودة مساوية للقيمة 0.15 نم. تتوجه الزمر "R" نحو خارج الحلزون الشكلان 4-6و5-6) مما يقلل من التداخل الفراغي المتيال.

الشكل 6-3: توجه ذرات السلسلة الاساسية للببتيد حول محور الحلزون ألفا

الشكل 4-6 : تحمل الروابط الهيدروجبنية (النقطة) المتشكلة بين ذرات H و0 على تتببت. عديد الببتبد بالهينة لفراغية الطزونية الفا.