وتتكون المنظمة من الهيئات التالية:

1- المؤتمر الأمريكي: وهو أعلى سلطة في المنظمة ويتكون من كافة الدول الأعضاء، ويصدر قراراته بالإجماع، وينعقد مرة في كل عام، وهو الذي يرسم السياسة العامة للمنظمة ويحدد نشاطها.

2- مجلس وزراء خارجية الدول الأمريكية: ومهمته دراسة الأمور العاجلة، وينعقد فورا كلما حصل اعتداء مسلح على دولة أمريكية، ويعاون هذا المجلس لجنة عسكرية تشكل من أعلى السلطات الحربية، وتصدر قرارات هذا المجلس بأغلبية الثلثين.

3- المجلس التنفيذي : ويتألف من مندوب عن كل دولة من الدول الأعضاء بعين خصيصا لذلك، ويختص هذا المجلس بدراسة المسائل المحالة إليه من المؤتمر او من مجلس وزراء الخارجية، كما يقدم الاقتراحات بشان تحقيق أهداف الميثاق وعقد المعاهدات بين الأعضاء.

4- الأمانة العامة: ويراسها أمين عام بعينه مجلس المنظمة لمدة خمس سنوات ويساعده مجموعة من الإداريين وذوي الاختصاص.

5- الهيئات المتخصصة: تضم المنظمة عددا من المجالس المتخصصة مثل المجلس الاقتصادي والاجتماعي، والمجلس الثقافي، والوكالة الأمريكية للصحة، ومجلس القانونيين، والمعهد الأمريكي للعلوم الزراعية، ومصرف التنمية للدول الأمريكية، ولجنة حقوق الإنسان الأمريكية.

وفي الحقيقة يبدو النفوذ الأمريكي وخصوصا في القطاعين الهامين السياسي والاقتصادي غاية في الوضوح في العديد من دول القارة، فقد استخدمت الولايات المتحدة هذه المنظمة التحقيق أغراضها ومصالحها البحتة، كما استخدمتها أيضا كسند لها في قرارات الأمم المتحدة للوقوف أمام صدور أي قرار لا ترضى عنه الولايات المتحدة، ولذلك فان الدول الأمريكية تسعى للخلاص من التسلط الأمريكي في هذه المنظمة والاتجاه نحو التنظيم الدولي العالمي بدلا من المسار التنظيمي الإقليمي.