أخيراً وفي ليلته الحمراء وعندما كان غارقاً في لهوه وسكره قتل المتوكل، وبتخطيط مسبق من قبل المنتصر ابنه، فقد قتله هو ووزيره الفتح بن خاقان شوال عام  247هـ وبتعاون من الأتراك ثمّ تقلد الخلافة ؛ وكان من جملة ندمائه عبادة المخنّث وكان يشد على بطنه تحت ثيابه مخدة ويكشف رأسه وهو أصلع ويرقص بين يدي المتوكل والمغنّون يغنّون: قد أقبل الاصلع البطين خليفة المسلمين.

يحكي بذلك علياً (عليه السلام) والمتوكل يشرب ويضحك، ففعل ذلك يوماً والمنتصر حاضر، فأومأ إلى عبادة يتهدّده، فسكت خوفاً منه.

فقال المتوكل: ما حالك؟ فقام وأخبره .

فقال المنتصر: يا أمير المؤمنين انّ الذي يحكيه هذا الكلب ويضحك منه الناس هو ابن عمك وشيخ أهل بيتك وبه فخرك، فكلّ أنت لحمه إذا شئت ولا تطعم هذا الكلب وأمثاله منه فقال المتوكل للمغنّين غنّوا جميعاً:

غار الفتى لابن عمه * رأس الفتى في حر أُمّه

وأثر ذلك راح المنتصر يخطط وبالتعاون مع الأتراك لقتل أبيه وأظهر المنتصر وخلافاً لأبيه حبه لعلي وآله، وأمر الناس بزيارة الحسين بن علي، ومنح العلويين الأمان بعد ما لاقوه من الخوف والرعب في زمن أبيه وفضلاً عن ذلك قام بثلاثة أُمور كبيرة:

1- رد فدك إلى العلويين .

2- ورد موقوفاتهم إليهم .

3- عزل والي المدينة صالح بن علي الذي كان يسيء المعاملة معهم، ونصب علي بن الحسين بديلاً له، وأوصاه بأن لا يأل جهداً في إكرام الهاشميين والإحسان إليهم ولكن لم يستمر ذلك طويلاً حيث كانت فترة خلافة المنتصر قصيرة، وعاد الرعب والاضطهاد مرة أُخرى .