لوحظ في الكتب المدونة في فقه القرآن منهجان مختلفان:

المنهجية الاولى: المنهجية الترتيبية، وهي التي تلاحق آيات الاحكام في كل سورة بترتيب المصحف من الفاتحة الى الناس واعتمد هذه المنهجية كل مؤلفي العامة .

المنهجية الثانية: هي المنهجية الموضوعية التي تجمع آيات الاحكام ذات الموضوع الواحد في باب واحد لتكون النتيجة مركزة غير مبعثرة، واتبع هذه المنهجية كل علماء الامامية والذي حداهم لهذه المنهجية هو ما قام به محدثو الشيعة الكرام من جمع الروايات وتصنيفها في باب واحد حسب الموضوع فكتاب الطهارة جمع روايات الطهارة، وهكذا كتاب الصلاة، وكتاب الزكاة، وكتاب الصوم ... الخ، وعلى أساسه رُتبت الكتب الفقهية، وبالتبع رُتبت ابحاث الفقه وبالتبع في فقه القرآن وكذلك الرسائل العملية لمراجعنا الكرام.

والفارق بين المنهجيتين:

1. المنهجية الموضوعية أكثر نتاجا من المنهجية الترتيبية؛ لأن الأخيرة تجزأ المعلومة وتكررها، بينما الاولى تركز البحث فيها وتجمع معها الآيات ذات الصلة .
2. سهولة الرجوع الى البحث العلمي في المنهجية الموضوعية لأنها محاكيه لمنهجية المحدثين في تصنيف الحديث وترتيب الكتب الفقهية .

إلا انه يمكن بيان ملاحظة على هاتين المنهجيتين:

 فأما الاولى: فهي منهجية تجزيئية لا توفر رؤية متكاملة للموضوع سواء كان فقهيا أو عقائدية وقد أوقع اصحابه في مشاكل كثيرة مثل انكار الشفاعة للولي، ونسبة الظلم الى الله.

 وأما الثانية: فهي وان كانت تركز البحث حول موضوع واحد كالطهارة مثلا الا انها تبحث كل اية من آيات الطهارة على حده وكأنه لا يوجد بينهما موضوع جامع فهي موضوعية من حيث التجميع، لكنها تجزيئية من حيث التفسير والنتيجة.

 لذا نقترح منهجية ثالثة اكثر تخصصا واكثر تفاعلا بين الآيات القرآنية وهي المنهجية التفاعلية بين نصوص القرآن وهي تفسير القرآن بالقرآن حيث نُفَعِل موضوع (المحكم المتشابه والناسخ والمنسوخ و العام والخاص والمطلق والمقيد والمجمل والمفصل والمبهم والمبين والعزيمة والرخصة) بين الآيات القرآنية، والتي تشكل ثنائية معرفية يجمع بينمها رابط موضوعي.

وتظهر الثمرة في المثال التالي: { وَهُوَ الَّذِي أَرْسَلَ الرِّيَاحَ بُشْرًا بَيْنَ يَدَيْ رَحْمَتِهِ وَأَنْزَلْنَا مِنَ السَّمَاءِ مَاءً طَهُورًا} [الفرقان: 48]

حيث اكد الفقهاء على طهارة الماء واختلفوا بقدرته على التطهير، وبعبارة اخرى هو طاهر في نفسه، فهل يكون مطهر لغيره ؟

لا ثبات هذا المطلب استند بعضهم الى الدليل اللغوي كون كلمة طهور صيغة مبالغة تعني شدة الطهارة أي طاهر في نفسه مطهر لغيره ويرد ان اللفظ مهما كانت صيغته لا يفهم منه حكم شرعي، كما في (يطهُرْن) بالتخفيف، أو (يطهَّرَن) بالتشديد حيث لا يمكن استفادة حكم شرعي من حاق اللفظ فحسب إلا أن يكون نصا .

و استند بعضهم الى الدليل روائي اذ لا يفهم قابلية الماء على التطهير من صيغة المبالغة لغوياً بل لابد من نص شرعي يستند اليه لأنه حكم شرعي والحكم الشرعي توقيفي لكن عرف الحكم الشرعي هنا من السنة وليس من القرآن .

ويمكن استفادة ان الماء طاهر في نفسه مطهر لغيره من القرآن بالاستفادة من قاعدة الاشباه والنظائر القرآنية، فلو اتبعنا كلمة الماء لوجدنا انه طاهر في نفسه مطهر لغيره وذلك بدلالة قول الله تعالى {وَيُنَزِّلُ عَلَيْكُمْ مِنَ السَّمَاءِ مَاءً لِيُطَهِّرَكُمْ بِهِ وَيُذْهِبَ عَنْكُمْ رِجْزَ الشَّيْطَانِ وَلِيَرْبِطَ عَلَى قُلُوبِكُمْ وَيُثَبِّتَ بِهِ الْأَقْدَامَ} [الأنفال: 11]

فالآية الاولى تقول{وَأَنزَلْنَا مِنَ السَّمَاءِ مَاءً طَهُوراً} [الفرقان: 48]

والآية الثانية تقول {وَيُنَزِّلُ عَلَيْكُم مِّن السَّمَاء مَاء لِّيُطَهِّرَكُم بِهِ}[الأنفال: 11]

فحصلنا على النتيجة من الكتاب فقد أُحكم النص وجاءت السنة معضده ومؤكدة ولهذا سوف نستثمر العام والخاص في القرآن والمطلق والمقيد ...الخ