بسبب حجمها الصغير جداً وتراكيزها المنخفضة والحاجة لاستنباتها على أنسجة حية، فإن قياس الفيروسات الممرضة صعب للغاية. بالإضافة لذلك فليس هناك أي معايير قياسية لتحديد جودة المياه من ناحية احتوائها على الفيروسات الممرضة، كما هو الأمر في البكتيريا.

إن الطريقة المتاحة للتغلب على هذه المشكلة تتم من خلال استخدام كائنات حية کمشعرات، مثل استخدام الجراثيم سلبية الغرام كمشعر على وجود تلوث بكتيري. يمكن أن يتم ذلك من خلال استخدام فيروس bacteriophagema الذي يهاجم فقط نوع واحد من البكتريا. فعلى سبيل المثال تهاجم coliphages الجراثيم سلبية الغرام وبما أنها مرتبطة بكونها من مخلفات الحيوانات ذات الدم الحار لذلك تعتبر كاشفاً مثالياً. يتم إجراء فحص coliphages على طبق للزرع يحتوي على مصدر غني لجراثيم سلبية الغرام محددة مع عينة ماء المخلفات سوف تهاجم coliphages الجراثيم سالبة الغرام تاركة بقع مرئية يمكن عدها، وبناء عليه يمكن تحديد عدد الجراثيم سالبة الغرام بوحدة الحجم.