تستخدم الإنزيمات واحد أو أكثر من الآليات الآتية كمساعدات تحفيزية في التفاعلات المختلفة:

أ- العامل التحفيز التساهمي Covalent catalysis : في هذا النوع من التحفيز يحتوي الموقع الفع على مجموعة فعالة نيكلوفيلية قوية والتي تساعد في عملية التحويرات التساهمية. من الأمثلة على الإنزيمات التي تأخذ هذه الآلية الإنزيمات الهاضمة مثل إنزيم الكيموتربسين.

ب- التحفيز الحامضي - القاعدي Acid-base catalysis: في هذا النوع تلعب الجزيئة (عدا الماء) دوراً في إعطاء بروتونات (H⁺) أو استقبال بروتونات فمثلاً الكيموتربسين يستخدم الهستيدين عامــــلاً مساعداً قاعدي لتحسين القوة النيكلوفيلية للسيرين .

جــ- التحفيز بوساطة الأيون المعدني: الأيونات المعدنية بعدة طرائق يمكن أن تعمل عواملاً مساعدةً على سبيل المثال الايون المعدني قد يعمل محفزا إلكتروفيليا فيؤدي الى استقرار الشحنة السالبة في التفاعلات الوسطية وعلى العكس من ذلك قد يعمل الايون المعدني على توليد النيكلوفيل بزيادة الحامضية في مكان قريب من الجزيئة مثل الماء المستخدم في تميؤ ثاني أوكسيد الكاربون بوساطة إنزيم كاربونيك أنها يدريز Carbonic anhydrase كما في المعادلة الآتية:

وكذلك الأيونات المعدنية يمكن أن ترتبط بمادة الأساس وتزيد من عدد التداخلات مـــع الإنزيم وهـذه الإستراتيجية تستخدم بوساطة إنزيم النيوكليوتيد أحادي الفوسفات (NMP) كاينيز الذي يعمل على تحفيز التفاعل الأتي:

د- التحفيز بالتقريب Catalysis by approximation : في هذه الحالة يعمل العامل المساعد علـــى زيادة معدل التفاعل بوساطة جلب مواد الأساس الاثنين معاً على سطح الإنزيم الواحـــد مثــل إنزيم NMP كاينيز الذي يجلب النيوكليوتيدين معاً لتسهيل عملية نقل مجموعة الفوسفات من نيكليوتيد إلــــى نيكليوتيد آخر.