ويُلحظ هنا أن أسرة «إخناتون» كانت تتألف قبل بناء هذه المدينة من الملك و«نفرتيتي» ثم الأميرة «مريت آتون»، وفي خلال المدة الواقعة بين تخطيط «إختاتون» والانتقال إليها وُلد له بنتان أخريان، وهما «مكت آتون» و«عنخس إن با آتون«. وتدل كذلك الآثار على أنه رُزق ابنة رابعة اسمها «نفرنفرو آتون تاشيري» ونحن نعلم أن الأولى قد تزوَّجت من «سمنخكارع» خليفة «إخناتون»، غير أننا لم نسمع عنها شيئًا قط بعد وفاة زوجها الذي لم يحكم أكثر من ثلاثة أعوام، أما الثانية «مكت آتون» فقد ماتت قبل والدها، وقبرها معروف في «تل العمارنة»، والثالثة وهي «عنخس إن با آتون» كما نعلم قد تزوَّجها «توت عنخ آمون» الذي ولي العرش بعد «سمنخكارع»، وبعد وفاته تزوجها «آي» ليتمكن من الجلوس على العرش؛ إذ كانت بطبيعة الحال الابنة الباقية لإخناتون، ولكن الكشوف الحديثة قد أماطت لنا اللثام عن حادث غريب في حياة هذه الأميرة ووالدها «إخناتون»؛ فقد دلَّت الآثار على ما يحملنا على الظن بأنها كانت قد تزوجت من والدها قبل أن تتزوج من «توت عنخ آمون»، وأنها كذلك قد رُزقت منه ابنة سمتها باسمها وميَّزتها عنها بلقب «الصغيرة«. فقد عُثر على قاعدة تمثال منقوش عليها «… سيدة كل الأرض، الزوجة الشرعية للفرعون، التي يحبها، وسيدة الأرضين، «الجمال الفائق» لآتون (نفرتيتي) … بنت الملك من صلبه التي يحبها «عنخس (با) آتون» والتي ولدتها زوجة الملك (الجمال الفائق) لآتون.» هنا نجد أن طغراء الملك قد مُحي في كلتا الحالتين، والظاهر أنه كانت تُوجد على هذه القاعدة مجموعة مؤلفة من الملك والملكة وأولادها أو على الأقل الملكة وبنتها «عنخس إن-با-آتون»، وكان هذا التمثال بالقرب من القصر الملكي الرئيسي. وهذا المحو له أهمية عظمى؛ فقد محى اسم الملكة حبًّا في بنتها «مريت آتون» في قصر «مارو آتون»، وكذلك على التمثال الذي نشره «شارف». أما قاعدة التمثال هذه فهي الأولى من نوعها وفيها اسم «عنخس إن-با-آتون»، وفيها محى اسم أمها، ويظن «جرفث» أن كلًّا من «مريت آتون» و«عنخس إن-با-آتون» قد أصبحت ملكة على البلاد بعد طرد والدتها أو موتها لتكون هي الملكة الوحيدة، ولكنا من جهة أخرى نعلم أن «مريت آتون» قد تزوجت من «سمنكارع»، وكذلك كانت تُسمى أكبر بنات الملك، وليست تحمل لقب ملكة، ويظن مستر «ديفز» أن الملكة قد انضمت إلى صفوف الأعداء في «طيبة» وتَسَمَّت باسم «نفرنفرو» (آمون)، ولكن أليست هذه هي «نفرنفرو آتون تاشري» البنت الرابعة «لإخناتون»، وقد ادعت لنفسها الصفة الملكية في أزمة من الأزمات؟! ولكن الغريب في قاعدة هذا التمثال أن «عنخس إن با آتون» قد محت اسم والدتها وصلتها بها؛ ومن ذلك نعلم أن من الجائز جدًّا بل من المحقق أنها تزوجت من والدها كما جاء في نقوش الأشمونين، فقد عُثر على أجزاء من معبد «الأشمونين» الذي بناه «إخناتون» في هذه الجهة، وفيها أن الأميرة الملكية «عنخس إن با آتون» قد رُزقت بنتًا اسمها «عنخس إن با آتون» (عنخس إن با آتون تاشري)؛ وذلك مما يثبت الرأي القائل إن «إخناتون» لم يتولَّ الملك وهو لم يبلغ الحلم بعد؛ من أجل ذلك لا بد أن ابنته الثالثة «عنخس إن با آتون» قد وُلدت في السنة الرابعة أو الخامسة من حكمه، وأقدم صورة لهذه الأميرة وُجدت على لوحة من لوحات الحدود في السنة السادسة، ومن جهة أخرى نعلم أن «إخناتون» قد حكم على الأقل 18 سنة، وأن البنات كُنَّ يصلحن للزواج في سن مبكرة ويحملن؛ ولذلك فإنه من الممكن أن هذه الأميرة قد تزوجت في سن مبكرة، ورُزقت ابنة أسمتها باسمها، وتدل كل الأحوال على أن «إخناتون» هو والد الأميرة الصغيرة (A. Z. Vol. LXXIV, p. 104–108). أما ابنته الصغيرة «نفرنفرو آتون تاشري» فلا نعلم عنها شيئًا، وكل ما نعلمه أن أحد خطابات «بورا بور باش» ملك بابل أرسل خطابًا للفرعون «إخناتون» نفهم منه أن إحدى بنات الفرعون كانت زوجة لأحد أولاد هذا الملك، ولكنها كانت تسكن في قصر والدها، ولا بد أن هذا الزواج كان بالوكالة، ولم يكن بين بنات الفرعون وقتئذٍ ابنة في سن الزواج إلا كبراهن، ونحن نعلم أنها تزوجت «سمنخكارع»، فمن المحتمل أن هذا الأمير البابلي قد تزوج من إحدى صغيرات بنات الفرعون ولكنه في الوقت نفسه أبقاها عند والدها، وقد أرسل بهذه المناسبة ملك «بابل» للأميرة زوج ابنه ⁽¹⁾ (أ) عِقدًا من الأحجار الثمينة يبلغ عدد حباته 1048 حبة، وقد حرص هذا العاهل أن يعد حبات هذا العقد حتى لا يُسرق منه شيء في أثناء الطريق، ومن المحتمل جدًّا أن هذه الأميرة هي «نفرنفرو آتون» (Mercer, “Tell el Amarna Tablets”, No. 10, 41ff)، هذا وتدل الآثار على أن «إخناتون» كان له بنتان أخريان وهما «نفر نفرو رع» و«ستب إن رع«  (L. D. III, Pl. 99) .