أبرز الآثار السلبية المترتّبة على التفسير بالرأي

- ذم العقلاء لهذا الطريق من التفسير.

- العذاب الإلهيّ، كما ورد في الروايات المتقدّمة.

- شيوع الفوضى في فهم المعاني، لعدم وجود الضوابط، بما يؤدّي إلى أن يصبح القرآن تابعاً لأذواق البشر.

- تغيّر المفاهيم وتبدّلها وضياع المحتوى الواقعيّ للقيم.

- إهمال سنّة النبيّ صلى الله عليه وآله وسلم وأهل بيته عليهم السلام في فهم القرآن.

- نفوذ الأفكار الخاطئة إلى الفهم الدينيّ.