وهو عبارة عن تتابع معين من النيوكليوتيدات يقع في أعلى مجرى الجين (إي في بداية الجين Stream Up) وهو أيضًا المكان الذي يتعرف عليه ويرتبط به إنزيم البوليمريز، يحدد البادئ التالي:

1 - أي من الشريطين الذي سيكون هو القالب.

2 - نقطة بداية الاستنساخ.

3- الارتباط المباشر للأنزيم البوليمريز والذي يكون نوع واحد في الكائنات بدائية النواة في حين يكون ثلاثة أنواع في الكائنات حقيقية النواة.

4 - تكرار الارتباط لأنزيمات البوليمريز.

لقد بنت الدراسات على طبيعة وتتابع النيوكليوتيدات في البادئ للكائنات بدائية النواة ويكون تتابع النيوكليوتيدات هو النواة وخاصة في بكتريا اشريشيا القولون (E.coli) وجود ثلاث مناطق مهمة ومتميزة ويوضح الشكل (1) هذه المناطق. إذ أعطى الرقم +1 للنيوكليوتيد الأول من الجين البنائي والذي يبدا الاستنساخ، في حين أعطيت التتابعات الخاصة بالبادئ أرقاما سالبة.

شكل (1) بادئ الكائنات بدائية النواة في بكتريا اشريشيا القولون

ويلاحظ من الشكل إن المنطقة الأولى هي منطقة -35 ( 35-region) ويكون تتابع النيوكليوتيدات هو (TTGACA) إما المنطقة الثانية فهي منطقة صندوق بريبنو (Pribnow box) والتي سميت باسم العالم الذي لاحظها أول مرة وتكون في النيوكليوتيد – 10 ويكون تتابع النيوكليوتيدات هو (TATAAT). واما المنطقة الثالثة فهي المنطقة المحيطة بالنيوكليوتيد +1 والذي يبدا عندها الاستنساخ.

 لقد تأكدت أهمية هذه المنطقتين - 35 وصندوق بريبنو لوظيفة البادئ في بكتريا اشريشيا القولون من خلال ملاحظتين: جاءت الأولى نتيجة الدراسات العديدة التي اجريت لتحديد تتابع النيوكليوتيدات في خمسين بادئ في كائنات بدائية النواة كما هو موضح في شكل (2)، حيث لوحظ احتواء جميع هذه البوادئ على تتابعات متشابهة في هاتين المنطقتين. إما الملاحظة الثانية فهي إن الطفرات التي تحدث في هذه المنطقة تمنع أو تزيد من عملية الاستنساخ تنتج عادة عن استبدال أو حذف نيوكليوتيدات من أحد هاتين المنطقتين. اعتمادا على نتائج الدراسات المختلفة يمكن إن يكون الجزء الخلفي لجزيئة إنزيم البوليمريز الرنا يرتبط بالموقعين - 35 وصندوق بريبنو ، في حين يمتد الجزء الأمامي للأنزيم ليباعد ما بين خيطي الحلزون قرب منطقة +1 ويبدأ عملية الاستنساخ.

شكل (2 ) تتابعات مختلفة في الكائنات بدائية النواة

أما فيما يخص بوادئ الموجودة في الكائنات حقيقية النواة فقد اتضح إنها تختلف في طبيعتها عن البوادئ الموجودة في الكائنات بدائية النواة. فبدلا عن المنطقتين – 35 وصندوق بريبنو، يوجد في بوادئ حقيقية النواة تتابع غني بالقواعد T,A ويطلق عليه اسم صندوق كولدبيرغ- هوجنيز أو صندوق تاتا (Goldberg- Hogness or TATA box). إذ يعتقد إن إنزيم البوليمريز الرنا في كائنات حقيقية النواة يتعرف على هذا التتابع لبدء الاستنساخ .وبهذا فهو يعتبر نظيرا للمنطقتين - 35 وصندوق بريبنو الغنيتين بالقواعد A، T في بوادئ بدائية النواة.

و تمتاز بوادئ حقيقية النواة بأنها :

1 - تتعرف على ثلاثة أنواع من إنزيم البوليمريز الرنا والتي لها دور في استنساخ الجينات، إذ إن

أ - إنزيم البوليمريز الرنا الأول (1) RNA polymerase يستنسخ الرنا الرائبوسومي (rRNA).

ب – إنزيم البوليمريز الرنا الثاني (RNA polymerase II) يستنسخ كل الجينات التي يكون نواتجها متعدد الببتيد.

ج - إنزيم البوليمريز الرنا الثالث (RNA polymerase (III) يستنسخ جزيئات الرنا الصغيرة الموجودة في السايتوبلازم مثل الرنا الناقل(tRNA).

2- إن تتابع من النيوكليوتيدات البوادئ يكون كبير جدا.

3- إنزيم البوليمريز الرنا يتعرف على عدد كبير يفوق المئات من البوادئ المختلفة.

4 - من الصعب جدًا التكهن بتسلسل تتابع النيوكليوتيدات للبوادئ.

5 - الطفرات في هذه المواقع تؤثر على عملية الاستنساخ