أجمع المؤرّخون والرواة على أنّ موقف الإمام تجاه بيعة أبي بكر كان متّسما بالكراهية وعدم الرضا فهو أحقّ بالخلافة وأولى بها من غيره ؛ لأنّه ألصق الناس برسول الله (صلى الله عليه واله) بالاضافة إلى ما يتمتّع به من القابليات الفذّة والمواهب العظيمة التي لم تتوفّر بعضها في غيره وما كان يظنّ أنّ القوم يزعجون هذا الأمر ويخرجونه عنه فقد بادره عمّه العبّاس قائلا : يا ابن أخي امداد يدك ابايعك فيقول الناس عمّ رسول الله (صلى الله عليه واله) بايع ابن عمّ رسول الله فلا يختلف عليك اثنان .

فردّ عليه الإمام : من يطلب هذا الأمر غيرنا .

وعلّق الدكتور طه حسين عميد الأدب العربيّ على ذلك بقوله : نظر العباس في الأمر فرأى ابن أخيه أحقّ منه بوراثة السلطان ؛ لأنّه ربيب النبيّ وصاحب السابقة في الإسلام وصاحب البلاء الحسن الممتاز في المشاهد كلّها ؛ ولأنّ النبيّ كان يدعوه أخاه حتى قالت له أمّ أيمن ذات يوم مداعبة : تدعوه أخاك وتزوّجه ابنتك؟ ولأنّ النبي قال له : أنت منّي بمنزلة هارون من موسى إلاّ أنّه لا نبيّ بعدي ؛ وقال للمسلمين يوما آخر : من كنت مولاه فعليّ مولاه ؛ من أجل ذلك أقبل العبّاس بعد وفاة النبيّ على ابن أخيه وقال له : ابسط يدك ابايعك .

وعلى أي حال فإنّ الإمام امتنع عن بيعة أبي بكر وأعلن سخطه البالغ على ذلك في كثير من خطبه وكلماته.