كان الإمام المرجع الأعلى للقضاء في أيام الرسول (صلى الله عليه واله) فكذلك كان المرجع في عهد أبي بكر وغيره من الخلفاء وقد شجر خلاف بينه وبين أبي بكر في شأن فدك فعرض الإمام للحكم الشرعي فيها كما رفعت إليه بعض القضايا فحكم فيها .

قطع النبيّ (صلى الله عليه واله) فدكا لبضعته سيّدة نساء العالمين فاطمة الزهراء (عليها السلام) وقد تصرّفت فيها في حياة أبيها وبعد وفاته أدّعى أبو بكر أنّها للمسلمين وطالب سيّدة النساء بالبيّنة فعرّفه الإمام(عليه السلام) أنّ البيّنة وظيفة المدّعي لا المدّعى عليه والمطالب بها أبو بكر دون الزهراء حسبما تقتضيه القواعد الشرعية وهذا نصّ حديث الإمام معه : قال الإمام لأبي بكر : أتحكم فينا بخلاف حكم الله في المسلمين .

قال : لا.

وانبرى الإمام يخاصمه بمنطقه الفيّاض قائلا : فإن كان في يد المسلمين شيء يملكونه وادّعيت أنا فيه من تسأل البيّنة على ما في يدي .

وطفق أبو بكر قائلا : إيّاك كنت أسأل على ما تدّعيه على المسلمين .

وراح الإمام يقيم الحجّة عليه قائلا : فإذا كان في يدي شيء فأدّعى فيه المسلمون تسألني البيّنة وقد ملكته في حياة الرّسول (صلى الله عليه واله) وبعده ولم تسأل المؤمنين البيّنة على ما ادّعوا عليّ كما سألتني البيّنة على ما ادّعيت عليهم؟ .

وختم الإمام حديثه بقوله : قال رسول الله (صلى الله عليه واله) : البيّنة على من ادّعى واليمين على من أنكر  ؛ ووجم أبو بكر ولم يطق الجواب أمام هذه الحجّة الدامغة التي لا مجال للشكّ فيها .