يقع حوض الأمازون في قارة أمريكا الجنوبية (انظر شكل نهر الأمازون)، حيث يشمل معظم الأراضي البرازيلية وأجزاء من بوليفيا، وبيرو، والإكوادور، وكولمبيا، وفنزويلا، وغينيا. وهو سهل مفتوح من جهة الشرق، حيث يسهل على الرياح التجارية الرطبة، القادمة من المحيط الأطلسي، التوغل في الإقليم؛ ما يجعل الأمطار تسقط بانتظام في جميع أرجائه. ويُقدّر متوسط كمية الأمطار السنوية بنحو 87 بوصة (218 سنتيمتراً)، في مدينة بارا Para؛ ونحو 66 بوصة (165 سنتيمتراً)، في مدينة مناوس Manaus. ومع الاتجاه غرباً، في داخل الحوض، نحو جبال الانديز، يزداد المعدل السنوي لسقوط الأمطار، بسبب اضطرار الرياح المحملة بالرطوبة إلى الصمود؛ فيتجاوز، في مدينة إكيتوس Iquitos، في بيرو، 100 بوصة (250 سنتيمتراً).

ونظراً إلى وقوع الجزء الأكبر من حوض الأمازون إلى الجنوب من خط الاستواء، فإن الروافد الرئيسية، التي تغذي نهر الأمازون، تتلقى القدر الأكبر من الأمطار، في شهرَي مارس وأبريل؛ ما يسفر عن ارتفاع مياهه نحو 40 قدماً، وتكوين مساحة هائلة من المستنقعات. أمّا في الموسم الأقل أمطاراً، والمتمثل في شهرَي أغسطس وسبتمبر، فإن مياه النهر، تهبط إلى أقلّ مستوى لها خلال العام.