تركزت نشاطات الإمام في هذه الفترة على الأُمور التالية:

أ: العبادة والعبودية للّه وبالنحو الذي يليق بشأن شخصية مثل علي (عليه السلام) وقد وصلت عبادته إلى درجة انّ الإمام السجاد (عليه السلام) يعتبر عبادته وتهجّده الفريد هو لا شيء بالنسبة إلى عبادة جدّه العظيم.

ب: تفسير القرآن ومعالجة غوامض ومشاكل كثيرة من الآيات وتربية تلاميذ من مثل عبد اللّه بن عباس الذي يعد من أكبر مفسري الإسلام من بين الصحابة.

ج: الإجابة على شبهات وتساؤلات علماء الأديان العالمية لا سيما اليهود والنصارى منهم الذين كانوا يتوافدون إلى المدينة للبحث والاستقصاء حول دين النبي بعد وفاته (صلى الله عليه واله) وما كانوا يجدون من يجيب تساؤلاتهم سوى علي (عليه السلام) الذي بدت معرفته بالتوراة والإنجيل واضحة من خلال كلامه معهم، ولولا انّ علياً ملأ هذا الفراغ لكان المجتمع الإسلامي يغط في انتكاسة كبيرة.

وعندما كان الإمام يقدم أجوبة مفحمة على جميع الشبهات والتساؤلات كان الفرح والإعجاب الكبير يغمران وجوه الخلفاء الجالسين في مكان رسول اللّه (صلى الله عليه واله).

د: بيان الحكم الشرعي للمواضيع المستحدثة والتي لم يكن لها سابقة في الإسلام أو بأن تكون القضية بقدر من التعقيد والغموض بحيث يعجز القضاة عن الحكم فيها، وتشكل هذه النقطة جانباً هامّاً من حياة الإمام، فلو لم تكن هناك شخصية كالإمام علي (عليه السلام) بين الصحابة، تلك الشخصية التي هي أعلم الأُمّة بشهادة واعتراف الرسول الكريم وأعرفها بأُصول القضاء والتحكيم لظلت هناك قضايا كثيرة عالقة من صدر الإسلام بلا حلول.

وقد كانت هذه المواضيع المستحدثة تستوجب أن يكون هناك إمام واع معصوم كالنبي له معرفة كبيرة بأُصول وفروع الدين الإسلامي بين الناس بعد رسول اللّه (صلى الله عليه واله) ليحمي علمه الواسع ومعرفته الكبيرة الأُمّة من الاتجاهات المنحرفة وعمليات الأخذ بالقياس والظن والحدس، ولم تتوفر هذه الموهبة العظيمة إلاّفي شخص أميرالمؤمنين باعتراف جميع أصحاب رسول اللّه (صلى الله عليه واله)، وقد نقلت كتب الحديث والتاريخ بعضاً من قضاء الإمام واستخدامه الرائع والبديع للآيات القرآنية وقد جمع بعض العلماء قسماً منها في كتاب مستقل.

هـ: تربية مجموعة من الذين كانوا يحملون ضميراً حياً وفطرة سليمة وروحاً مستعدة للسلوك الديني حتى يمكنهم الوصول إلى مدارج الكمالات المعنوية العالية والتعرف على مالا يمكن التعرف عليه بالمعرفة الظاهرية إلاّ بالرؤية القلبية والعين الباطنية.

و: العمل والسعي لأجل ضمان معيشة شريحة كبيرة من الفقراء والمساكين، وقد وصل الأمر بالإمام إلى أن يغرس الأشجار ويحفر القنوات ثمّ يوقفها ويجعلها وقفاً في سبيل اللّه.

ز: عندما كانت الخلافة تصل إلى طريق مسدود في القضايا السياسية وبعض القضايا والمشاكل الأُخرى كان الإمام (عليه السلام) المستشار الوحيد والمعتمد الذي يعالج المشاكل بموضوعية خاصة مع حلول واضحة، وقد جاءت بعض الاستشارات في نهج البلاغة وكتب التاريخ.