Intrinsic Membrane Proteins

البروتينات الغشائية الأصلية التي يشفر لها بالجينوم الأصلي الطبيعي للخلايا وتكون مسئولة عن الفعاليات الفسلجية الأساسية. وهذه يتم تجميعها بعمليات معقدة ولكنها تشترك في انها تخلق برايبوزومات خاصة متصلة بالأغشية بواسطة بروتينات خاصة تسمى Translocon تقع في داخل الغشاء الخلوي، وهو يوفر نفق خاص لحقن البروتينات المخلقة حديثا على الرايبوزومات الى داخل الغشاء. وبعد اكتمال تخليق هذه البروتينات تنفك الرايبوزومات من Translocon ، وينطلق البروتين الى داخل الغشاء والذي عندها يطوى الى التركيب الثلاثي الأبعاد المعد لوظيفته. والشكل التالي يوضح هذه الحالة.

وأهم الأسباب وراء ثبوت وتركيب البروتينات الغشائية هي الحرارية الداينميكية وذلك لان الكلفة الحرارية لنقل المركبات المشحونة او القطبية الى الطبقة الهيدروكربونية الثنائية المكونة للغشاء تكون عالية جدا وهذا يترتب عليه .ان معظم السلاسل الجانبية للحوامض الامينية للقطع التي تستعرض الأغشية يجب ان تكون غير قطبية مثل ألفالين،النين، الليوسين، الايزوليوسين او الفنيل ألنين. 
اما المجاميع القطبية جدا في العمود الفقري للببتيدات المتعددة المستعرضة للأغشية فيجب ان تساهم في الأواصرالهيدروجينية لغرض تقليل كلفة الطاقة لنقلها الى الطبقة الداخلية الهيدروكربونية وهذه الأواصر الهيدروجينية يمكن
ان توفرها حلزونات ألفا او أشرطة بيتا التي تكون بشكل تراكيب مغلقة β-barrel .
وبعد استقرار البروتين في الأغشية وبغض النظر عن الطريقة التي وصل بها، فانه سيكون في أدنى الحالات من مستويات الطاقة الحرة ولكنها لا تكون متساوية على جميع الأصعدة فهناك فرق في الطاقة في حالة تداخل البروتين مع بروتين آخر وبين البروتين والطبقة الدهنية وهذه هي التي تحدد المستويات الدنيا من الطاقة وبالتالي تحدد تركيب البروتين داخل الغشاء ثنائي الطبقة وذلك لان البروتين يكون غير ذائب في الطبقة الدهنية عندما تكون غير مطوية وهذا يؤدي الى الحاجة الى كلفة عالية من الطاقة عند تعرض الآصرة الببتيدية الى الطبقة الهيدروكربونية، ومن جهة ثانية فان هذه البروتينات تكون غير ذائبة في الماء نظرا لطبقتها (الخارجية) الكارهة للماء لذا كان لابد من طويها بشكل ملائم للبيئة التي توجد فيها. ولذلك كانت عمليات التنبؤ لحدس تركيب البروتينات الغشائية ليست بالعملية السهلة وإنما تحتاج الى تفاصيل أكثر من التي ذكرت وخاصة المتعلقة بحالة التداخل مع الطبقة الدهنية الكارهة للماء.