النبيت الطبيعي الثانوي Secondary Flora

الأحياء التي تكون ملوثة للمواد الأولية المعدة للتخمر أو تكون موجودة أساساً في المادة الأولية والتي لا يمكن التخلص منها بعمليات التعقيم حين تكون المواد الأولية حساسة للمعاملات الحرارية القاسية اللازمة للقضاء على كل الأحياء.
وتوجد هذه خاصة في الجبن وتساعد في بعض الأحيان من أداء دور إيجابي في الإنتاج لاضطلاعها في إنتاج مركبات النكهة ولكن بعض الأحيان قد تكون مرضية مؤدية إلى حصول التسمم الجماعي.
وتشمل البكتريا وقد تكون بكتريا حامض اللبن، والخمائر والفطريات ، وبعض الأحيان يُعمد إلى ترك النبيت الطبيعي في المواد الأولية واعتبارها لقاحات داخلية وذلك للاستفادة من أنزيماتها وفعالياتها ، فهي يمكن أن تؤثر في نسجة الجبن وإزالة الحوامض وإعطاء نكهة خاصة لتفكيكها للبروتينات  الى حوامض أمينية تعطي النكهة الخاصة للجبن.