يمكن تقسيم الأحماض الأمينية العشرين المكونة للبروتين اعتماداً على عدة صفات وكما يأتي:

أ- بناءً على طبيعة المجاميع الجانبية (مجموعة R) للحامض الأميني ، وعلى هذا الأساس يمكن تصنيفها الى أربع مجاميع، ويمكن توضيح تراكيبها الكيميائية (في الأس الهيدروجيني (المتعادل) ورمز كـــل حامض أميني مؤلف من ثلاثة أحرف او حرف واحد كما يأتي :

1- غير محبة للماء Hydrophobic وتدعى أحياناً اللاقطبية Nonpolar وتشمل الأحماض الأمينية الآتية:

2- قطبية غير مشحونة  Hydrophilicمحبة للماء وتشمل الاحماض الامينية الاتية :

3- السالبة الشحنة او تسمى بالحامضية Acidic  وتشمل :

-4 الموجبة الشحنة او تسمى Basic  تشمل :