تشكل المظاهر الجبلية نحو 85% من جملة مساحة جزر اليابان وتضم ما يقرب من 250 قمة جبلية يزيد ارتفاع كل منها على ألفى متر وأشهر قمم اليابان وأعلاها قمة فوجي Fuji في جنوب هنشو بارتفاع يصل إلى 3776 متراً فرق منسوب سطح البحر وهي بر كان ثار اخر مرة 1707 وعلى الرغم من شدة التعقد التضاريسي لجزر اليابان وامتداد محاور جبالها في اتجاهات مختلفة إلا أنه يمكن أن نميز بين سلسلتين رئيسيتين متوازيتين يشكل كل منهما قوساً كبيراً يمتد بطول جزر اليابان. وإحداهما تمتد محاذية للساحل الغربي والأخرى تجاوز الساحل الشرقي. ويفصل بينهما نطاق منخفض نسبياً يمتد في شكل وأدي طولى كبير. وقد قطعت السلستان بعد كبير من الأنهار القصيرة السريعة الجريان شرقاً وغرباً. وتنتهي السلسلتان في قسمهما الأوسط في جزيرة هنشو إلى النظام الألبي المرتفع المعقد. بينما تنتمي الأطراف الشمالية والجنوبية إلى تكوينات قديمة تأثرت بالنظام الألبي وأخذت مظهراً هضبياً إلى حد ما. وقد بعدت عن السواحل ولاسيما الجنوب لتتكون سهول متسعة إلى حد ما. ويتخلل السلاسل الجبلية بعض البحيرات الداخلية التي تكونت من ذوبان الثلوج وقد غطيت السهول والمنخفضات في أجزاء كثيرة منها بتكوينات بركانية إذ يوجد باليابان 192 منها 58 بركاناً ثائراً والباقى براكين جامدة وهذه السهول بتربتها الخصبة تشكل مراكز الثقل السكاني والإنتاج الزراعي الكثيف ومنها سهل كوانتو Kwando الذي يشكل الظهير لمدينة طوكيو العاصمة بمساحة نحو 5000 ميل مربع.

ومناخياً فإن الموقع الفلكي لليابان بين خطي عرض 24 و 46 شمالاً جعل هذه الجزر تخضع لكل من المناخ المعتدل الدافئ والمناخ المعتدل البارد إلا أن التباين المناخي يبدو واضحاً من إقليم لآخر وفقاً للموقع الجغرافي والمظهر التضاريسي فضلاً عن تأثر اليابان وبكل من تيار اليابان الدافئ أو تيار كوروسيو Kurosiwo وتيار كمشتكا البارد مما جعل التقلبات الجوية وكثرة الأعاصير وغزارة الأمطار من أهم خصائص مناخ هذه الجزر. وتنخفض درجة الحرارة شتاءاً ولاسيما في الجزر الشمالية لتأثرها بالرياح الباردة الشمالية إلا أنها أكثر اعتدالاً من اليابس الآسيوي المجاور وفى الشتاء تتعرض اليابان للرياح الشمالية الغربية الهابة من قلب آسيا وهي رياح جافة ولكنها تحمل بخار الماء بعبورها المسطحات البحرية فتسقط أمطاراً ولاسيما على غرب اليابان والسهول الشرقية تتعرض لتيار كمشتكا البارد فينخفض من درجة حرارتها. وإلى الشمال من طوكيو يكثر سقوط الثلج. وأما الجنوب فيتسم بالدفيء النسبي. وفي الصيف ترتفع درجة الحرارة في كل جزر اليابان كما تهب الرياح الموسمية الصيفية البحرية الشرقية والجنوبية الشرقية مسقطة أمطاراً غزيرة ومن زاوية التقسيم المناخي الإقليمي فجنوب اليابان ينتمي للمناخ المعتدل الدافئ بينما يسود المناخ المعتدل البارد وسط وشمال اليابان إلا الأطراف الشمالية التي تنتمي إلى المناخ البارد وينعكس ذلك على طول فترة النمو النباتي التي تتراوح ما بين 120 - 150 يوماً في جزيرة هوكايدو الشمالية ويختفى الصقيع في الجزر الجنوبية.

وإن المظهر الجبلى المعقد الذي يسود نحو 85% من مساحة البلاد انعكس على الغطاء النباتي فالغابات تشغل أكثر من 60% من أراضى اليابان كما تنتشر مساحات من الحشائش وتسود الغابات النفضية في الجنوب مثل أشجار الزان والإسفندان والقسطل والبلوط بينما تسود الأشجار الصنوبرية في الشمال ولاسيما شمال خط عرض 40 شمالاً بالإضافة إلى السفوح الجبلية عظيمة الارتفاع في معظم الجزر ويعد الصنوبر والشريين والسرو والأرز أهم أشجارها وهذا يفسر ضخامة إنتاج اليابان من الثروة الخشبية التي يتراوح إنتاجها ما بين 47 - 50 مليون متر مكعب كل عام.