تمتلك اليابان موارد معدنية محدودة تعطى إنتاجاً قليلاً بالمقارنة مع ضخامة إمكانياتها الصناعية المتنوعة ويأتى الحديد في مقدمة المعادن من حيث حجم الإنتاج بنحو مليون طن سنوياً وتمتد مناجمه في جنوب غرب جزيرة هوكايدو وشمال شرق جزيرة هنشو والزنك من المعادن الرئيسية إنتاجاً في اليابان بإنتاج سنوى نحو 700 ألف طن أو 12% من إنتاج العالم وتوجد مناجمه في جزيرة هنشو ولكنها لا تكفي احتياجات الصناعة اليابانية إذ تستورد كميات كبيرة من الزنك المركز تقدر بحوالي 13% من تجارته الدولية.

والذهب من معادن اليابان القديمة بإنتاج ما يزيد على 40 ألف كجم أو ونحو 4 % من الإنتاج العالمي فتأتى اليابان في المركز الرابع بعد جنوب أفريقيا وكندا والولايات المتحدة وتتركز مناجمه في جزر هوكايدو وهنشو وكيوشو.

وتنتج اليابان كميات ضئيلة من معادن أخرى منها البترول في جزيرة هنشو بإنتاج نحو 650 ألف طن وهو ما يغطى 2% من الاستهلاك المحلى وتستورد اليابان نحو 13% من تجارة البترول العالمية متصدرة دول العالم في هذا المجال كما تنتج اليابان كميات ضئيلة من الفحم والنحاس والملح والكبريت والتنجستين والفضة والمنجنيز.