ثقل حال الإمام و اشتد به المرض و أخذ يعاني آلاما مرهقة فقد تفاعل السم مع جميع أجزاء بدنه و أخبر الإمام أهله أنه في غلس الليل البهيم سوف ينتقل إلى الفردوس الأعلى و أغمي عليه ثلاث مرات : فلما أفاق قرأ سورة الفاتحة و سورة إنا فتحنا ثم قال (عليه السلام) : الحمد للّه الذي صدقنا وعده و أورثنا الجنة نتبوأ منها حيث نشاء فنعم أجر العاملين‏ , و ارتفعت روحه العظيمة إلى خالقها كما ترتفع أرواح الأنبياء و المرسلين تحفها بأجلال و اكبار ملائكة اللّه و الطاف اللّه و تحياته.

لقد سمت تلك الروح العظيمة إلى خالقها بعد أن أضاءت آفاق هذه الدنيا بعلومها و عبادتها و تجردها من كل نزعة من نزعات الهوى.

و قام الإمام أبو جعفر الباقر بتجهيز جثمان أبيه فغسل جسده الطاهر و قد رأى الناس مواضع سجوده كأنها مبارك الإبل من كثرة سجوده للّه تعالى و نظروا إلى عاتقه كأنه مبارك الإبل فسألوا الباقر عن ذلك فقال أنه من أثر الجراب الذي كان يحمله على عاتقه و يضع فيه الطعام و يوزعه على الفقراء و المحرومين‏ و بعد الفراغ من غسله أدرجه في أكفانه و صلى عليه الصلاة المكتوبة.

جرى للإمام تشييع حافل لم تشهد يثرب له نظيرا فقد شيعه البر و الفاجر و التفت الجماهير حول النعش العظيم و الهين جازعين في بكاء و خشوع و احساس عميق بالخسارة الكبرى فقد فقدوا بموته الخير الكثير و فقدوا تلك الروحانية التي لم يخلق لها مثيل لقد عقلت الالسنة و طاشت العقول بموت الإمام فازدحم أهالي يثرب على الجثمان المقدس فالسعيد من يحظى بحمله و من الغريب أن سعيد بن المسيب أحد الفقهاء السبعة في المدينة لم يفز بتشييع الإمام و الصلاة عليه و قد أنكر عليه ذلك حشرم مولى أشجع فأجابه سعيد : أصلي ركعتين في المسجد أحب إلي من أن أصلي على هذا الرجل الصالح في البيت الصالح‏ و هو اعتذار مهلهل فإن حضور تشييع جنازة الإمام (عليه السلام) الذي يحمل هدي الأنبياء من افضل الطاعات و أحبها عند اللّه تعالى.

و جي‏ء بالجثمان الطاهر وسط هالة من التكبير و التحميد إلى بقيع الغرقد فحفروا له قبرا بجوار قبر عمه الزكي الإمام الحسن سيد شباب أهل الجنة و ريحانة رسول اللّه (صلى الله عليه واله) و أنزل الإمام الباقر (عليه السلام) جثمان أبيه فواراه في مقره الأخير و قد وارى معه العلم و البر و التقوى و وارى معه روحانية الأنبياء و المتقين.

و بعد الفراغ من دفنه هرع الناس نحو الإمام الباقر و هم يرفعون إليه تعازيهم الحارة و يشاركونه في لوعته و اساه و الإمام مع اخوته و سائر بني هاشم يشكرونهم على مشاركتهم في الخطب الفادح الجلل و المصاب العظيم!.