يتمتع الثوم بخصائص علاجية متعددة وفريدة، ويستخدم في الطب الشعبي والحديث، ولكن بعض الأشخاص يمنعون من تناوله بسبب حالتهم الصحية.
ويقول أخصائيون إن الأشخاص الذين يعانون من مشكلات صحية في الكبد والكلى لا ينصحون بتناول الثوم، لأنه يحتوي على عناصر سامة بنسب عالية، قد تسبب تفاقم حالتهم المرضية واضطراب العمليات الكيميائية في أعضاء الجسم.
كما أن الثوم مضر لكل من يعاني من الإسهال، لأنه يهيج الأمعاء أكثر ويزيد من التهاباتها. ولا ينصح أيضا بتناوله من قبل الأشخاص الذين يعانون من انخفاض ضغط الدم وأمراض العيون. لأنه يزيد من انخفاض ضغط الدم، ويرفع من تهيج الأغشية المخاطية للعين.
ولا ينصح الذين سيخضعون لعمليات جراحية بتناول الثوم أيضا، لأنه  يحتوي على عناصر كيميائية تساعد في تخفيض كثافة الدم (يعمل على زيادة ميوعة الدم). كما على النساء الحوامل والمرضعات عدم تناوله لاستحالة التنبؤ بتأثيره على الجنين والرضيع.
كما أن للثوم تأثيرا سلبيا في اضطراب نبضات القلب وحصى المرارة والتهاب البنكرياس والصرع والحساسية. وقد دحضت نتائج الدراسات التي أجريت مؤخرا الاعتقاد السائد بأن الثوم فعال في مكافحة السرطان، ولكنه قد يكون مفيدا في الوقاية منه لأنه يعزز مناعة الجسم.