تتميز البنية الثانوية بوجود هيأت نضامية واخرى غير نضامية

تكون عينات الهياكل اليبتينية للبزوتينات ينيتها الثانوية التي اقترح وجودها في البداية على أرضية نظرية ثم أثبتت بواسطة تحليل البنية البلودية بالأشعة السينية. ويتحدد نوع البنى الثانوية بخاصية الرابط المزدوج الجزئي للرابطة الببتيدية  وبشكل الزمر R وحجمها. وتتألف البنى الثانوية من مجموعة من الوحدات النظامية المتكررة (الحلزونات ألفا - (helices-α) والصفائح بيتا (β-sheetsا) والحنيات بيتا (β-bends) ومجموعة من الهيئات غير النظامية تدعى العرى او الالتفافات (Loops) أو الوشائع  (Coils).