تدخل بشكل عام، المركبات الهيدروكربونية في الغلاف الجوي بعدد من التفاعلات الكيميائية والكيميائية الضوئية، لتشكل العديد من النواتج الثانوية والمركبات الوسطية الضارة، مقارنة بالمركبات الأصل غير المؤذية نسبياً، منها ينتج الضباب الدخاني الكيميائي الضوئي.

تكون المركبات الهيدروكربونية وأكثر المركبات العضوية) في الغلاف الجوي، غير ثابتة ترموديناميكياً تجاه عمليات الأكسدة. حيث تميل هذه المركبات للدخول عبر سلاسل من تفاعلات الأكسدة، تنتهي بتشكيل CO₂ أو دقائق صلبة قابلة للترسب أو مواد عضوية قابلة للانحلال (مثل الحموض والألدهيدات، والتي تزال بعد انحلالها بمياه المطر. بالإضافة إلى ذلك، يتشكل نتيجة للتفاعلات السابقة مركبات لاعضوية ثانوية مثل الأوزون وحمض الآزوت