البنية الأولية للبروتين هي عدد الحموض الأمينية في السلسلة الببتيدية وترتيب ارتباط بعضها مع بعض بما

في ذلك موقع أي رابطة ثنائية السلفيد إن وجدت:

إذا نظرت إلى السلسلة الببتيدية ستجد أن في إحدى نهايتيها (اليسرى) مجموعة أمينية حرة. تسمى هذه النهاية بالنهاية الطرفية الأمينية أو (المطراف الأميني) (amino end أو N-terminus أو amino terminus). وبالمقابل، تُدعى النهاية الأخرى بالنهاية الطرفية الكربوكسيلية C-terminus وتحتوي على الزمرة الكربوكسيلية الحرة. يُوضع دائماً الحمض الأميني ذو النهاية الأمينية الحرة على اليسار ويأخــــذ الرقم 1، والذي يليه (على يمينه) يأخذ الرقم 2 وهكذا....

إذا كانت الروابط الببتيدية هي الروابط التساهمية الوحيدة الموجودة في البروتين، سيأخذ عديــــد البتيد بنية عشوائية قليلة التنظيم مع امتداد مختلف الدرجة. يحدث هذا في عددٍ قليل جداً من البروتينات الفطرية (بكسر الفاء) (أو الأصلية native) (كالكازينوجين (مولد الكازيئين)) وفي البروتينات الممسوخة denaturd. ومع ذلك، فغالباً ما تملي خصائص البروتينات الفطرية بنية عالية التنظيم تلتف فيهـا السلاسل عديدة الببتيد بطريقة منظمة توصف تحت مسمى البنى الثانوية والثالثية والرابعية.

إن عدد البروتينات التي جرت سلسلتها كبير جداً، ويزداد بسرعة كبيرة لدرجة أصبح معهـا مـــن الصعب توفرها في الكتب المطبوعة، لكنها متوفرة في قواعد البيانات الإلكترونية لسلاسل البروتينات والتي يمكن الوصول إليها عن طريق الشابكة الإنترنت). ومن قواعد المعلومات الهامة التي يتم تحديثها باستمرار تذكر EMBL (مكتبة معلومات مختبرات البيولوجيا الجزيئية الأوربية) و GenBank (بنك معلومات تسلسل الجينات) و PIRProtein Identification Resource Sequence Database