عند التفكير فى بناء السد العالى دخلت مصر والسودان الذي قد نال استقلاله في مفاوضات انتهت بعقد اتفاق بين الجمهورية العربية المتحدة وجمهورية السودان للانتفاع الكامل بمياه النيل تم توقيعه في 8 فبراير عام 1959 بمقر وزارة الخارجية للجمهورية العربية المتحدة. وافق فيه السودان على إن تقوم مصر ببناء السد العالي وأن يتم تقسيم المياه التي سيوفرها بناءه والتي قدرت بحوالي 22 مليار متر مكعب في العام كمتوسط بعد خصم فاقد التخزين المستمر. والمقدر بحوال 10 مليار متر مكعب في العام كمتوسط على أن يحصل السودان على 14.5 مليار متر مكعب ومصر 4.5 مليار متر مكعب وهذه الكميات تضاف الى كميات المياه التي كانت تستخدمها مصر والسودان وقت توقيع الاتفاق والتي اعتبرت حق مكتسب لهما. وكانت هذه الكميات قد تقررت في اتفاقية عام 1929 وبدا أصبح نصيب مصر 55.5 مليار متر مكعب في العام والسودان 18.5 مليار متر مكعب في العام وافقت مصر على إن يقوم السودان ببناء خزان الرصيري على النيل الأزرق واى مشروع آخر يعتبره السودان حيوياً لاستغلال حصته  وكما اتفق الطرفان على أن تبدأ السودان الاتفاق مع مصر في دراسة مشروعات أعالي النيل للاستفادة من المياه التي تتبدد فيها على إن تقسم نفقات هذه المشاريع بين البلدين مناصفة وأن يقسم العائد من المياه بينهما مناصفة أيضا كما وافق الطرفان على إنشاء لجنة فنية مشتركة دائما تضم عددا متساوياً من الخبراء عن كل طرف لتحقيق التعاون الفني بين الحكومتين كما أعطيت لهذه اللجنة صلاحيات واسعة لمراقبة تنفيذ الاتفاق ولدراسة المشروعات المستقبلية والإشراف على تنفيذها ووضع أسس تقسيم المياه في حالة تتابع سنوات شحيحة من الفيضان . ولعل أهم بنود الاتفاق من الوجهه السياسية هو ما جاء في بند الأحكام العامة وهو بان يتخذ البلدان موقفاً موحداً إذا دعت الحاجة لإجراء مفاوضات حول مياه النيل مع أى دولة أخرى خارج حدودها وإن يبحثا معاً مطالب هذه البلاد إذا طلبت نصيباً من مياه النيل ، وأنه إذا ما أسفر البحث عن قبول أي من هذه الطلبات فأن هذا القدر محسوباً عند أسوان يخصم مناصفة بينهما وتعقد اللجنة الفنية المشتركة اجتماعاتها العادية فى القاهرة والخرطوم بصفة منتظمة منذ توقيع الاتفاق ، وقد توصلت اللجنة الى نتائج باهرة من أهمها الاتفاق على مشروع قناة جونجلى في منطقة السدود.