[قال الشيخ المفيد:] كانت وفاة أميرالمؤمنين (عليه السلام) قبل الفجر ليلة الجمعة احدى وعشرين من شهر رمضان سنة اربعين من الهجرة، قتيلا بالسيف قتله ابن ملجم المرادي لعنه الله في مسجد الكوفة، وقد خرج (عليه السلام) يوقظ الناس لصلاة الصبح ليلة تسع عشر من شهر رمضان، وقد كان ارتصده من أول الليل لذلك، فلما مر به في المسجد وهو مستخف بأمره مماكر بإظهار النوم في جملة النيام ثار اليه فضربه على ام رأسه بالسيف وكان مسموما فمكث يوم تسعة عشر وليلة عشرين ويومها وليلة احدى و عشرين إلى نحو الثلث الاول من الليل، ثم قضى نحبه (عليه السلام) شهيدا ولقى ربه تعالى مظلوما .

وقد كان (عليه السلام) يعلم ذلك قبل أوانه، ويخبر به الناس قبل زمانه  وتولى غسله وتكفينه ابناه الحسن والحسين (عليهما السلام) بأمره، وحملاه إلى الغري من نجف الكوفة، فدفناه هناك وعفيا موضع قبره، بوصية كانت منه إليهما في ذلك، لما كان يعلمه (عليه السلام) من دولة بني أمية من بعده، واعتقاد في عداوته، وما ينتهون إليه بسوء النيات فيه من قبيح الفعال والمقال بما تمكنوا من ذلك، فلم يزل قبره (عليه السلام) مخفى حتى دل عليه الصادق جعفر بن محمد (عليهما السلام) في الدولة العباسية.

وزاره عند وروده إلى أبي جعفر- وهو بالحيرة - فعرفته الشيعة واستأنفوا إذ ذاك زيارته (عليه السلام) وعلى ذريته الطاهرين، وكان سنه (عليه السلام) يوم وفاته ثلاثا وستين سنة.