أما سلبيات الصرف الشاقولي تتمثل في الآتي :

*  ارتفاع الكلفة الانشائية الاستثمارية .

*  عدم تجفيف التربة بشكل متوازن حيث أن المناطق بالقرب من الآبار تجف أكثر من المناطق البعيدة من الآبار بسبب الشكل المخروط لمنسوب المياه بين الآبار والذي تكون قاعدته (أدنى نقطة) عند البئر وأقصاها في المسافة بين البئرين .

*  لدى العمل الطويل والمتواصل للصرف الشاقولي وخصوصاً في المشاريع الكبيرة والمجموعات الكثيرة للآبار فقد يؤدي ذلك إلى تملح الآبار والخزانات بسبب انجذاب المياه المالحة لها من خزانات مجاورة .

*  إن تخفيض منسوب المياه قد يؤدي إلى غسل بعض المواد العضوية الذائبة في هذه المياه مما قد يخفض من خصوبة التربة .

 يجب تصميم شبكة الصرف الشاقولي بدقة وعلى الأسس العلمية الدقيقة لتفادي هذه السلبيات وتأمين تحقيق منسوب المياه للحد المطلوب والمحدد دون زيادة أو نقصان ، وهذا بالطبع يتطلب تحريات كثيرة ومعقدة للمنطقة للوصول إلى التوازن المائي والملحي المطلوب .