كان رأي الأستاذ يختلف عن سابقيه ، فإن هناك رابط تربط آراءهم بعضها ببعض ، عرفنا أن رأي الشاطبي ومن بعده الشيخ شلتوت وقد نقلنا عنهما – مع التفسير العلمي ، أما الأستاذ محمود شاكر فهو يفرق بين قضيتين : الأولى تفسير آيات القرآن الكريم بحقائق العلم الثابتة لا بنظرياته .

الثانية : أن يتكون هذه الحقائق من القضية الأولى : وهي ان يكون القرآن الكريم أشار في بعض آياته الى حقائق ودقائق تشريعية وتاريخية ، وعلمية ، وكونية ، وبهذا يختلف عن سابقيه ، ولكنه يرى بعد ذلك أن هذه الحقائق والدقائق ليست من وجوه الإعجاز لأنا لم يقع بها التحدث وإنما التحدي كان بأسلوب القرآن ونظمه ، كان بما يعرفه العرب ، الإعجاز الذي وقع به التحدي ، هو ما كان بغلة القرآن نظما واسلوباً ، ونتيجة ما قاله الأستاذ محمود شاكر أن حقائق التشريع ودقائق العلم ، يصح أن تكون دليل صدق على أن القرآن الكريم كتاب الله وعلى أن الذي جاء به من عند الله سيدنا محمد رسول الله حقاً .

وهكذا يفرق الأستاذ محمود شاكر بين أن نأخذ من القرآن الكريم بعض القضايا ، فذلك أمر لا محذور فيه ، وبين أن نجعلها وجها من وجوه الإعجاز .